Se os aplicativos do seu menu KDE sumiram, tente executar o seguinte comando para recuperá-los:
$ kbuildsycoca4 --noincremental
No meu caso, que uso Kubuntu 14.04 ocorreu o seguinte erro:
kbuildsycoca4 running...
kbuildsycoca4(14842): "applications.menu" not found in ("/home/silvio/.config/menus/", "/etc/xdg/menus/")
Simplesmente copie o arquivo faltante de outra pasta para a pasta do seu usuário:
$ cp /etc/xdg/menus/kde4-applications.menu .config/menus/applications.menu
Execute novamente o kbuildsycoca4. Agora não devem ocorrer erros e os aplicativos devem aparecer novamente no menu do KDE.
$ kbuildsycoca4 --noincremental